В Академии функционирует система подготовки научно-педагогических кадров, которая включает три формы подготовки. Это научная подготовка бакалавров и специалистов, научная подготовка магистров и подготовка научно-педагогических и научных кадров высшей квалификации.

Каждая форма подготовки научно-педагогических кадров обеспечена всеми необходимыми учебно-методическими материалами. В том числе разработаны и изданы учебники, которые по своему содержанию соответствуют требуемому уровню научной подготовки обучающихся в рамках каждой из форм.

Аспирантура и докторантура Российской таможенной академии являются основной формой подготовки научно-педагогических и научных кадров в системе послевузовского профессионального образования, предоставляющей возможность получения высшей научной и научно-педагогической квалификации.

Общее руководство подготовкой научно-педагогических и научных кадров осуществляет начальник Академии, а непосредственное – проректор по научной работе. Организация и проведение этой работы возлагаются на отдел аспирантуры и докторантуры.