Общее руководство организационно-научной деятельностью осуществляет начальник Академии черезпроректора по научной работе. Непосредственная ее координация и организационное обеспечение возложено на отдел планирования, координации и ведения научной работы.
Отдел был сформирован и приступил к выполнению своих задач в начале 2007 г. как структурное подразделение Российской таможенной академии для осуществления научных исследований в области организации научной работы, а также ее практического планирования и координации. Общая численность отдела составляет 7 человек. Отдел укомплектован работниками научно-исследовательского центра Академии, а также выпускниками аспирантуры, имеющими опыт организации научной деятельности.
Отделом решена такая важная задача, как разработка комплекса документов, регламентирующих организационно-научную деятельность. Под руководством проректора по научной работе спроектирована структура и приведена в действие система научной деятельности Академии. Впервые были разработаны документы, определяющие организацию выполнения научно-исследовательских работ на договорной основе, а также разработана конкурсная документация для размещения заказов на выполнение двух НИР – «Стандарт-ИСО» и «Образование» и др. Работниками отдела выполняется весь комплекс организационно-плановых и координационных работ при подготовке и проведении «Недели науки», конференций, конкурсов на лучшую научную работу и других научных мероприятий. На отдел возложена организация издания научно-публицистического журнала «Информационный бюллетень Российской таможенной академии». Отделом исследуется организационно-штатная структура научных подразделений и обосновываются конкретные предложения по ее совершенствованию, проводятся анализ и обобщение итогов научной деятельности Академии и формируется план научной работы на каждый календарный год.
Отдел осуществляет подготовку и обеспечение проведения заседаний научно-технического совета, ежемесячных совещаний по вопросам организации научной работы, координирует работу научного студенческого общества Академии.
Большая работа осуществляется отделом по подготовке проектов соглашений о сотрудничестве с различными заинтересованными организациями.